儒学在台湾的传播，始于17世纪中叶的明末清初之际。郑成功驱逐荷兰殖民者、收复台湾后，在台湾广开垦区，兴办学堂，进行治理。此后，大批的大陆人来到台湾，使儒学在台湾地区有了初步的传播。1662年郑成功去世，其子郑经继位。辅臣陈永华向郑经进言，“建立圣庙，设学校，以收人才”。1666年第一座孔庙在台南建成，其旁设明伦堂，作为学子执经问业、砥砺学问的场所。郑氏在台湾力倡儒学，促进了当地文化与大陆文化的融合。这种融合成为海峡两岸人民共同的历史文化基础。经过几个世纪的孕育与熏陶，儒学在台湾得到了广泛、深入的发展，成为普遍的社会心理与风俗习惯并渗入到台湾民众思想之中。

　　1683年，郑经之子郑克?降清，台湾进入清朝直接管辖时期，儒学在台湾有了更广泛的传播。因为它不仅有识文断字、吟风弄月的情调，而且更多的是“修身、齐家、治国、平天下”的具体原则，因此台湾出现朱子（朱熹）学复兴的热潮。1687年，台湾实行科举制度，士子们通过对儒学经典的精湛把握由科举进入仕途，《论语》、《孝经》、《诗经》、《礼记》、《周易》、《春秋》、《孟子》和《尚书》等儒家经典成为学校的必修课程，不仅如此，学堂里还供奉孔子画像，祭孔仪式十分隆重。台湾还祭祀朱熹，其热烈程度不在孔子之下。可见儒学与台湾社会历史文化关系之深厚。自从大陆的程朱理学传入后，台湾的儒者也像大陆一样以五经、十三经传授弟子，其科举同样具有崇尚哲理、长于思辨的显著特点。从历史上看，儒学在台湾的发展始终与学校教育和科举制度形影相随。台湾著名历史学家连横（前任国民党主席连战祖父）在《台湾通史》中记载：“四民之子，凡年七八岁皆入书房，蒙师坐而教之，先读《三字经》或《千字文》，既毕，乃授以四子书，严其背诵，且读朱注，为将来考试之资。”由于清政府的大力倡导，台湾的士子们也以科举进身于上层社会作为自己一生追求的目标，以至出现“父诏其子，兄勉其弟，莫不以考试为一生大业，克苦立志，争先而恐后”的情况。儒学影响由此可见一斑。