靖国神社的教义，源于日本民间的“御灵信仰”，即通过祭祀来安抚冤魂，以免给人们带来灾难。但出于统治阶级的需要，靖国神社的性质已由安魂变为表彰效忠天皇的所谓“忠节”。
第二次世界大战以前，靖国神社既是国家宗教设施，也是军事设施，它从一开始就与军队和军国主义有着密不可分的特殊关系。虽然在神道教中有人死了以后皆为神的传统，但靖国神社里的祭神，是有严格限制的，即只限于为天皇效忠的阵亡者。由此可见，靖国神社与其他神社有着极大差别，是一种军队的宗教设施。关于这一点，靖国神社所供奉的对象便是最好的说明。
靖国神社中有一座被称为灵玺簿奉安殿的大殿。它建于昭和47年，供奉有明治维新以来250万军人的灵位，包括日本历次对外侵略战争中死亡的军人的灵位。其中，有戊辰战争中阵亡的将士，有为创建新政权而死于“佐贺之乱”、“西南战争”等日本国内动乱的人士，但更多的是在甲午战争、日俄战争、侵华战争、太平洋战争等侵略战争中阵亡的军人。据统计，靖国神社里供奉的灵位中有80％以上是第二次世界大战中丧生的。靖国神社供奉有日本历史上的著名人物，如桥本左内、吉田松阴、坂本龙马、高杉晋作等人的灵位，同时也供奉了一些不仅在日本历史上，而且在人类历史上也可算作恶贯满盈、臭名昭著的人物。那些被供奉的所谓“英灵”中有被判处死刑的甲级战犯7人，他们是侵苏战争、侵华战争和太平洋战争的主要决策者之一东条英机；窃取同盟国各国军事和经济情报的间谍头目，策划伪满洲国的首要分子土肥原贤二；南京大屠杀首恶罪犯松井石根；太平洋战争的主要策划者之一木村兵太郎；以及广田弘毅、板垣征四郎、武藤章。另外，还有被押期间因病死去的甲级战犯松冈洋右、永野修身；有被判处无期徒刑的白鸟敏夫、平沼骐一郎、小矶国昭、梅津美治郎；还有被判处有期徒刑20年的东乡茂德。他们均犯有破坏和平罪、违反战争 法规惯例及违反人道罪，是双手沾满了亚洲人民鲜血的刽子手。另外，在甲午战争后侵略台湾战争中死的北白川亲王和侵华战争中死于内蒙的北白川宫永久的灵位也于1959年10月被安放了进去。这些人以及原先就祭祀在靖国神社的乙级、丙级战犯，合计1000余人。
正是由于靖国神社的军国主义性质，第二次世界大战结束以后，占领军总司令部在1945年12月15日发出“神道指令”，切断了靖国神社与国家的特殊关系。进而，根据宪法的政教分离的原则，1952年9月，靖国神社改为独立的宗教法人，渐次失去昔日的显赫地位。
但是，在宗教法人“靖国神社规则”和“靖国神社社宪”中，仍明确写着靖国神社是根据明治天皇“安国”圣旨，“为使阵亡者流芳万代”而创设，目的是“宏扬神德”，教化遗族。日本遗族会、自民党遗族议员协议会等团体也打出靖国神社“非宗教论”的幌子，主张通过立法将靖国神社由宗教法人变为特殊法人，以实现国家守护靖国神社的目的。从60年代起，自民党先后多次向国会提出以实现上述目的为内容的《靖国神社法案》，但由于引起社会舆论和在野党的强烈反对而没有得逞。实际上，试图将靖国神社由宗教法人变为特殊法人以实现国家守护靖国神社，这一动作的本身已构成靖国神社问题的发端。
根据宪法政教分离的原则，政府首脑正式参拜靖国神社是违宪的，但长期以来保守势力处心积虑要冲破禁区。1951年10月，在旧金山条约签字后，在举行大祭当天，首相吉田茂率阁僚及众参两院议长正式参拜了靖国神社。自那以后，几乎每届首相都到靖国神社参拜，尽管明目张胆地在8月15日（战败日）以首相身份参拜的为数极少。问题还不限于如此，战后，在靖国神社里不仅依然保存着以往战争亡灵的灵牌，而且军国主义势力一直伺机将甲级战犯的亡灵“魂归靖国”。趁1978年举行秋祭的机会，终于把东条英机等14名甲级战犯的亡灵，以“昭和殉难者”的名义偷偷弄进靖国神社。这表明，靖国神社完全继承了战前的性质。即便这样，日本的一些政要仍置曾经遭受日本军国主义侵略之害的亚洲各国人民的感情和日本本国国民的抗议之不顾，公然前去参拜，从而进一步加剧了靖国神社问题的严重性。
因此可以这样说，靖国神社问题的实质，就是日本政府如何认识和对待过去的侵略历史。这既关系到曾经遭受日本军国主义侵略之害的亚洲各国人民的感情的问题，同时也关系到日本这个国家的今后走向。
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