根据日本宪法政教分离的原则，政府首脑正式参拜靖国神社是违宪的，但长期以来保守势力处心积虑要冲破禁区。1951年10月，在旧金山条约签字后，在举行大祭当天，首相吉田茂率阁僚及众参两院议长正式参拜了靖国神社。自那以后，几乎每届首相都到靖国神社参拜，尽管明目张胆地在8月15日（战败日）以首相身份参拜的为数极少。
《日本国宪法》第20条规定，“对任何人的信教自由都给予保障。任何宗教团体都不得从国家接受特权或行使政治上的权利 ”。
第89条规定，“公款以及其他国家财产不得为宗教组织和团体使用、提供方便和维持活动之用，也不得供不属于公家的慈善、教育或博爱事业支出或利用 ”。按照这些规定，靖国神社降格为东京都知事认可的宗教法人，失去了战前所享有的种种政治特权。
但是，日本国内一小撮念念不忘为侵略战争翻案的右翼势力，一直打着抚慰遗族的旗号，妄图恢复靖国神社的特殊地位。1969年，自民党提出了“靖国神社法案 ”，要求改变靖国神社的宗教法人地位，重新由国家出面进行管理。这一法案遭到在野党、和平团体和宗教团体的坚决反对，自民党5次向国会提出这一法案均以失败告终。1974年，“靖国神社法案 ”一度在众议院获得通过，但终因未能在参议院过关而成为废案。
历史上参拜过靖国神社的首相有：
1975年8月15日，三木武夫首相首次以“个人身份 ”参拜了靖国神社。
1978年8月15日，首相福田赳夫以内阁总理大臣的身份参拜了靖国神社。
1985年8月15日，中曾根康弘首相以公职身份实现了正式参拜。
1996年7月29日，前首相桥本龙太郎在自己生日当天参拜了靖国神社。
2001年8月13日，日本首相小泉纯一郎以总理大臣身份参拜了靖国神社。
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