 1996年，美国联邦调查局在调查所谓“中国可能自美洛斯·阿拉莫斯国家实验室窃取核武器设计机密”时，将怀疑目标锁定华裔科学家李文和。
1999年3月，美国能源部部长理查森以触犯安全条例为由，下令解雇李文和。4月，中国外交部发言人驳斥“核间谍案”，称其纯属无稽之谈。5月，美国联邦众议员考克斯等人发表了臭名昭著的《考克斯报告》，李文和再次成为这些反华政客污蔑和攻击中国的牺牲品。
8月,美国洛斯·阿拉莫斯国家实验室前反谍报活动部主管费鲁曼在接受采访时承认，调查人员缺乏李文和泄露核机密的证据。9月10日，洛斯·阿拉莫斯国家实验室发表声明，对该实验室3名负责人进行纪律处分（包括冻结薪金、发申诉信等），因为他们错误地指责李文和从事间谍活动，并对此进行无谓的调查。3名受处分者分别为实验室前反谍报活动部主管费鲁曼、组长克雷格和实验室前负责人赫克。
11月，李文和再次申辩自己清白。美国政府决定不寻求以间谍罪起诉李文和，因为没有证据表明他有意传递核机密，但12月11日，美国司法部以“非法获取重要机密”等59项罪名对李文和进行起诉逮捕。12月20日，美国司法部长雷诺表示，没有足够证据证明李文和从事间谍活动。21日，李文和反戈一击，以严重侵犯其隐私权导致他被视为间谍为由将美国政府推上法庭。
2000年3月19日，李文和之女李纯宜宣布成立法律辩护基金会，为其父筹募司法经费，誓用法律讨回公道。4月，支持李文和的美东行动委员会在纽约组织示威行动，抗议逮捕李文和。5月，洛斯·阿拉莫斯国家实验室前反谍报主任费鲁曼指出，李文和案与总统大选、党派政治有关。6月8日，美国12个城市举行示威行动，抗议美国政府逮捕李文和。
7月5日，美国司法部承认李文和下载材料目的是找工作，与间谍活动无关。7月19日，法官再次拒绝李文和保释申请。8月22日，美国司法部公开承认李文和下载的有关材料并非机密，但同时拒绝李文和一方希望减少对李文和指控罪名的请求。8月24日，联邦法官帕克突然裁定同意李文和交保获释。但李文和事件已给中美关系造成了恶劣影响。
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