虽然欧盟此次通过的新条例允许转基因产品进入欧盟市场，但舆论普遍认为，这仍然难以化解欧美间的转基因之争。
在转基因产品问题上，欧盟的一贯看法是，转基因产品对人、畜以及环境是否无害在科学上没有定论，因此欧盟只能严格限制转基因产品的销售。对此，美国说，北美3亿人常年吃转基因玉米和大豆，至今也没有发现什么不良反应，欧盟的看法毫无科学依据。
由于分歧严重，美欧近5年来在转基因产品问题上多次交手。1998年，欧盟停止批准转基因产品的上市销售，这使美国农民每年损失2亿多美元。除此之外，欧盟的转基因产品政策在世界其他地区还引起了连锁反应。去年，由于担心对欧盟的农产品出口受影响，赞比亚、津巴布韦等非洲国家不仅开始严格限制转基因作物的种植，另外还拒绝了美国的转基因食品援助。这让美国大为恼火。
于是，今年5月，美国正式将这一争端提交给了世贸组织。特约评论员冯全普：“多方面的研究成果说明，经过严格论证的，同意上市的转基因食品基本上是无害的。此次欧盟和美国在转基因食品上的论争从根本上来讲应该属于利益之争，事实上，如果欧盟对于美国在转基因食品上开放市场的话，美国的转基因食品将对欧洲本已非常脆弱的农业产生非常大的冲击。此次欧盟的决定应该说对于美国是一种让步，但这种让步就如有的专家讲的，是拆走了一道栅栏，同时又立起了两垛砖墙。所以它们之间的论争远远没有结束。”
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