1995年东京地方法院剥夺了“奥姆真理教”的法人资格，但在东京高等法院的二审裁定中，表示“解散命令并不带有禁止或限制信徒宗教行为的法律效力”。由于核心人物村井已于４月２４日被杀，涉及奥姆真理教的一系列案件尚有疑点，致使对麻原的公审未能早日进行。
1996年5月24日日本律师联合会通过决议，反对根据《破坏活动防止法》宣布“奥姆真理教”为非法。1996年7月日本公安审查委员会提出建议，依照《破坏活动防止法》，宣布“奥姆真理教”为非法组织。但1997年1月，司法部门又认为没有足够充分的证据证明奥姆真理教对社会构成直接或间接的威胁。这实际上默认了奥姆真理教继续存在合法性。
由于对邪教势力处理不力，奥姆真理教近来有死灰复燃之势。1998年12月25日，日本法务省公共调查厅向政府提交了一份关于“奥姆真理教”的报告，证据表明，奥姆真理教信徒企图利用新的手段和途径大力展开活动。新的核心成员是以麻原的三女儿为首的核心小组，他们公开进行传教活动，并且通过国际互联网联络旧信徒，接纳新成员。在奥姆真理教的加密网络上，每天大约有1000人上网浏览。奥姆真理教信徒还依靠雄厚的资金支持，在全国范围内购置产业，引起当地居民的反对。据1999年12月9日香港凤凰卫视报道，奥姆真理教位于东京的总部目前仍在运作，虽然居住在附近的居民不断张贴标语要求奥姆真理教人迁离，但奥姆真理教徒没有理会，他们继续在总部内进行宗教仪式，参拜麻原彰晃的画像。其法律顾问也对其活动进行辩护。
日本政府高度重视“奥姆真理教”的复活，近来也加大了对奥姆真理教的打击力度。1999年5月18日，长野县警方以奥姆真理教信徒伪造文书购买土地为名，突击搜查了该教多处场所。日本众议院6月1日通过了破坏活动防止法修正案等新规定，授权警方对有组织杀人、毒品、枪械及集团偷渡入境等项犯罪嫌疑人的电话、传真和网上通讯进行全面监视。东京地方法院宣判了东京地铁沙林事件的执行者奥姆真理教“科技省次官”横山真人死刑，林郁夫被判无期徒刑。麻原也以杀人和杀人未遂罪被起诉。面对这种局势，麻原残党宣布对外暂停使用“奥姆真理教”名称，以缓解舆论的压力。这是该教一种“弃名求存”的策略，实际仍在进行活动。
４年多过去了，除个别罪犯已被判死刑外，沙林毒气事件仍未结案。日本各地居民因此对邪恶的奥姆真理教深感不安，强烈呼吁当局彻底取缔这一邪教。
1999年9月底，日本警方突击搜查了奥姆真理教一名重要骨干的住所，发现一批内部文件。这些材料的内容包括沙林神经毒气的制造和中毒抢救方法。这表明该教仍然相信2000年之前会爆发毁灭性战争并导致世界末日的异端邪说。
9月29日，警方因怀疑奥姆真理教信徒郡广古弘在偏远的长野县禁锢一位叛教女信徒而搜查了他的住处，找到2份奥姆真理教内部文件，文件内容涉及毒气的发展史，以及沙林毒气和中毒后的救治方法。
与此同时，日本舆论界也加大了对教奥姆真理教的谴责。日本神学学者浅见定雄教授在《世界》月刊杂志12月号上发表文章，呼吁彻底解散奥姆真理教，并表示支持政府制定的对付邪教的法案。文章指出，奥姆真理教在得知政府将要制定禁止邪教的法案后，于今年９月底转入地下。浅见定雄教授强调，只要奥姆真理教的本质没有变化，不解散该教就将遗患无穷。奥姆真理教宣扬的“杀人合理”的教义、教祖和组织，至今都同制造东京地铁沙林毒气事件前一样继续存在。对该教犯下的一系列罪恶行径，他们一次也未承认过自己的罪责，更谈不到赔偿。文章指出，奥姆真理教这一邪教团体如继续存在下去，将是一个很大的潜在威胁。因而绝对不能允许这种组织再继续存在下去。
1999年11月，正当日本国会众议院讨论通过旨在打击奥姆真理教的“团体限制法法案”时，该教致函日本首相小渊惠三，暗示他们将对其组织犯下的罪行作出道歉。这封信是由奥姆真理教代教主村冈立子签署的，信中说奥姆真理教知道其成员在搬进新的社区时常遭到敌视。“我们不能否认，这个问题是我教对教徒被指控干下的一系列罪案没有清楚表态造成的。”在信中，村冈立子还详细列出了奥姆真理教不对社会构成威胁的理由。
日本国会众议院１８日下午在全体会议上以多数赞成通过了有关打击日本邪教组织奥姆真理教的两个法案即《关于过去引起过无差别大量杀人行为团体法案》（简称《团体限制法法案》）和《救济受害者法案》。这两个法案已在12月3日在参议院通过，12月27日付诸实施。
日本政府旨在通过这项法案的实施，搞清奥姆真理教的实际情况，限制它的活动。法案明确表示要对“曾肆意进行大规模谋杀的”团体加强监控。法案的主要内容有：三年期间内对有关团体进行观察，团体每隔三个月要进行一次汇报，团体的设施要接受检查；当团体的危险性增加或妨碍检查时，将没收或禁止使用团体设施，将禁止向它捐款，禁止它的骨干进行活动等。法案还禁止被限制对象取得或使用与宣扬邪教有关的场所和设施，禁止被限制团体劝诱民众加入邪教组织等。这样，奥姆真理教就成了法案限制的对象。
12月1日，奥姆真理教代表村冈立子发表声明说，“我们得出的结论是，我们无法否认当时确实有一些教徒涉及这些事件。”这包括1995年3月20日东京地铁投毒事件。村冈立子说：“我对受害者和他们的家属做出由衷的道歉。”奥姆真理教企图通过这样的声明来减缓社会压力，从而阻止日本参议院通过限制该教的法案。
1999年12月2日，日本首相小渊惠三对记者说，“无论如何该教派被法律视为造成沙林事件的罪魁祸首，一个滥杀无辜的宗教组织。”“立法的目的”是要制止该教犯下像沙林袭击事件那样的致命罪案。他说，政府将竭尽所能，确保公民安全和产业免受邪教侵害。
3日，日本国会参议院全体会议以多数赞成通过旨在打击奥姆真理教非法活动的两个法案。这是日本采取阻止该邪教势力泛滥的有力措施。邪教势力是社会的毒瘤，不及时将其割去，必将伤害社会健康。日本法务大臣臼井日出男当天在会见记者时表示，公安调查厅长官将在年内请求公安审查委员会对奥姆真理教实施这两项法律。
目前，东京地方法院正在对在东京地铁投毒的奥姆真理教三名骨干份子进行公审。12月7日下午，检察当局要求判处投毒沙林的丰田亨和广濑两名被告死刑，判处当时负责开车的杉本繁郎无期徒刑。公审将在明年3月2日由律师进行最后一次辩护后结案。邪教份子终将难逃历史罪责！
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