1995年3月20日，奥姆真理教信徒在东京地铁里施放沙林毒气，造成震惊世界的重大事件。奥姆真理教信徒们把“沙林”混合液注入特制的尼龙聚乙烯袋子里，共有11个沙林袋子，每袋约重600克。头目村井挑选了五名信徒来执行在地铁放毒的任务，并指示“情报省”的头目井上嘉浩到现场指挥。18日，村井向执行任务的几个人交待了计划，并讨论了放毒的路线、车站和具体实施方法。他们决定在20日上午8点，在日比谷、丸之内、千代田三条路线上同时施放沙林。井上等11人在19日晚对将放毒的现场进行了预先检查。
20日，黎明井上买了7把塑料雨伞，担任“科学技术省”次官的信徒又用磨床将伞头的金属部分磨尖。村井指示担任放毒任务的五人说：“包装沙林的尼龙袋子是两层，拿到地铁后，为了易于捅破，要将外面的尼龙袋取下来。袋子要事先放在地铁列车的地板上，然后用伞尖将袋子多捅几个洞之后，马上下车逃走。”
负责散发沙林的五个人事先服用了预防中毒的药。早晨6点，医生林郁夫把装有沙林的袋子、伞分发给每个人，他本人则拿着治疗沙林中毒药的注射器出发到施放沙林的现场。大约两个小时之后，五人按照指示将尼龙袋捅破，沙林开始在地铁列车的车箱和车站内散发。
据一位幸存者回忆，“地铁到站的时候，我就感到车厢里边气氛有点不对头，但又说不出什么太特别的地方，犹豫一下后就挤进了车厢。不一会儿，发现有个男人耷拉着脑袋，满脸通红，手死死地攥着吊环，全身好像有气无力的样子。这是第三节车厢。脚底下湿漉漉的，不知什么时候是谁洒漏了液状的东西。我无意识地用脚踩了一下，粘糊糊的，好像不是什么普通的液体。地铁没开多远，只听‘叭嗒’一声，刚才的那个男人倒在了地上。”“不知为什么我的眼睛也开始模糊起来了，不一会儿变得一片漆黑，嗓子里好像长着什么东西，呼吸感到十分困难……。几乎是同时，车厢里响起了可怕的哭叫声，失去理智的人们本能地向自己认为是车门的方向冲去……。”
这是投毒现场惨状之一。这次投毒事件震惊世界。共有5500多人受伤，其中有12人死亡，14人终身残疾。
事件发生后，日本警察立即封锁车站，抢救伤员，疏散乘客。警视厅派出一支法医队伍严密搜查，还召集化学专家分析找到的五个容器中的残留物。很快，他们确定这些是沙林毒气和其他剧毒溶剂。沙林是在第二次世界大战中由纳粹研制出来的，它能破坏神经系统，使受害者窒息，最后因心脏和呼吸系统衰竭而死。这种毒气，一般人是不可能弄到的。若无专业知识，放毒者很难做到既要伤害别人而又不祸及自己，因为沙林在常温下很易挥发，一旦吸入，自己也难幸免。
警方通过沙林这个线索，联系到此前发生的一连串毒气事件，判定这个事件与奥姆真理教有关。早在1993年7月，东京一建筑物内散发白色烟雾，邻居感到不适，当局接到200多宗投诉。据查这幢建筑物同奥姆真理教有关。
1994年6月，东京北面的松本县遭神经性毒气吹袭，导致7人死亡，200多人受伤。毒气是从松本县郊区的两幢公寓里散发出来的，它使100米以内的生命死得一干二净。狗在街上卧毙，鸟从空中坠亡。在遇难者中，有三名正在审理一宗涉及奥姆真理教案件的法官。警方几乎可以肯定有人施放了沙林毒气。
1994年7月，富士山山梨县村民投诉说，设在当地的奥姆真理教场所发出强烈异味。警方随后在场所附近的泥土中化验出有沙林气体的物质。1995年1月4日奥姆真理教宣称其在山梨县上九一色村的设施受毒气污染，要求当局起诉村民，村民则指责奥姆真理教信徒，提出了反诉讼。
东京地铁毒气事件发生后，警方立刻封锁了富士山脚下的奥姆真理教总部，对奥姆真理教采取了行动。3月22日，2500名警察和自卫队防化部队包围了上九一色村的奥姆真理教设施，用焊枪打开了三座大库房，发现各种化学药品和仪器，俨然是一座化学工厂。药品中有制造沙林的初级原料，还有600多个比煤气罐大得多的金属密封桶，里面装着可以稀释沙林的溶剂和其他化学制品。
警方这次搜查了25处场所，初步确定了奥姆真理教与地铁惨案的关系，奥姆真理教的一些头目也陆续落网。然而奥姆真理教信徒企图反扑，3月30日负责调查此案的警视厅长官国松孝次遭蒙面枪手袭击，身受重伤。4月13日该教一名信徒在电视台接受采访时警告，一场比神户大地震更加严重的灾难即将来临。
4月19日，横滨火车站遭毒气侵袭，近400人被送入医院。21日，横滨火车站附近一家商店受到不明气体侵袭，25人被送到医院。27日，日本警察厅下令在全国搜捕奥姆真理教教主麻原彰晃。奥姆真理教在日本所有的总部、支部都被秘密地监控着。除了较早时已以各种名义扣留的奥姆教骨干外，“奥姆帝国”的核心人物，包括麻原“天皇”、各部“大臣”，都在警方的严密监视之下。在“奥姆帝国”总部，虽然停放着一架前苏联的军用直升机，麻原也插翅难逃了。这个邪教总头目只能藏匿在上九一色村营地，等待警方来破门拘捕。
警方发现了麻原的行踪后，于5月16日派遣几百名头戴钢盔、全副武装的警察奔赴上九一色村抓捕麻原。警察用焊枪烧开奥姆真理教总本部的大门，进行全面搜查。当搜查人员拆开第六奥姆真理堂二层与三层之间只有一尺高的密室厚板时，发现麻原正藏在这个密室之中。“法力无边”而具有“飘浮神功”的奥姆真理教的“神圣法皇”此时却乖乖地束手就擒。日本警视厅以杀人和杀人未遂罪逮捕了奥姆真理教教主麻原彰晃，同时还袭击了该教在全国的１３０多个据点，抓获４０多名头目和教徒。警方发现有足够证据证明东京地铁沙林事件系奥姆真理教所为。
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