保护生态环境与发展经济之间似乎是一对矛盾：保护生态，发展就会受到影响；注重发展，生态又可能遭到破坏。而西部大开发最具深谋远虑的一个思路是：把再造秀美山川和快速发展经济统一起来，把生态环境保护与建设摆到了非常突出的位置。
西部大开发三年来，生态环境保护和建设显著加强。退耕还林工程经过两年多的试点，成效显著。尽管如此，西部生态环境还是比较脆弱，保护和建设的任务依旧任重道远。西部各省区市在制定社会经济发展规划时，对于如何加强生态环境的保护与建设，走可持续的发展道路，都给予了高度的重视。
中共宁夏回族自治区党委常委、自治区副主席陈进玉认为，宁夏由于自然条件较差，水资源紧缺，人口增长过快，经济发展水平还比较低。实现宁夏可持续发展的根本出路，在于认真组织实施西部大开发战略，把生态、生育、生产一起抓，进一步控制人口、恢复生态、发展经济，使人口、资源、环境三者互相促进、协调发展。
青海省副省长穆东升也强调，青海要坚持人口、资源、环境可持续发展的方针,进一步调整林业建设布局，以三江源区生态治理为重点，组织实施好“三北”防护林建设四期工程、天然林资源保护工程、西宁市南北山绿化二期工程、防治荒漠化治理工程以及野生动植物多样性保护、环湖草地治理等重点项目，加快小流域治理进程，搞好水土保持。
四川要建成长江上游的生态屏障，副省长陈文光提出，有四个方面的工作必须抓好： 一是要继续加大天然林保护力度，加快退耕还林步伐，搞好野生动植物保护；二是要进一步完善相关政策，推广符合各地实际的治理模式和经营机制；三是要进一步加大生态工程监理力度，对工程实施全方位、全过程的有效监控；四是要引入非公有制机制，加快后续产业开发，进一步巩固生态建设的成果。
新疆地处欧亚大陆腹地，是典型的内陆干旱荒漠性气候，植被稀少，生态脆弱，自然灾害频繁。中共新疆维吾尔自治区党委副书记艾斯海﹒提克里木拜强调，新疆推进生态环境保护建设将重点实施六大工程：一是要抓好塔里木河干流中下游治理；二是要全面开展塔里木盆地南缘和准噶尔盆地南缘沙漠化治理；三是要积极进行艾比湖区域的生态保护和整治；四是要做好天然林保护工程，停止对山区天然林的采伐；五是要实施退耕还林还草工程，改善绿洲生态环境；六是要实施乌鲁木齐以大气污染防治和水污染防治为重点的城市环境综合治理，大幅度提高城市绿化覆盖率。
在大力推进西部大开发和新一轮扶贫攻坚工作的关键之年，湘西土家族苗族自治州全面启动了生态州建设战略。州党委副书记王承荣指出，生态州建设既包括生态林业、生态经济、生态文化等方面的建设，又包括环境污染治理和水源、矿产、耕地湿地等各种自然资源的保护。实施生态州建设战略是实现全州经济社会可持续发展的必然选择。
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