虽然高尚的道德可以减少官员腐败的冲动，完善的体制可以制约腐败的发生，但却无法根除腐败发生的可能。政府要想巩固政权之基，必须制约权力腐败。
设立预防腐败专门机构，实质上是以人民的智慧和力量为依托，变机构反腐为全民倡廉。预防腐败实质上是通过发动人民群众的力量，把一切腐败现象和腐败分子置于人民群众的监督之中。
设立预防腐败专门机构，从根本上来说是理顺权利与权力来源的关系，是公仆意识的回归，也是从体制上理顺权力监督和制约关系。
只要有私人利益与公权力相对存在，那么公权力就有腐败的可能性，这不取决于官员的品德，也不取决于权力运行体制。虽然高尚的道德可以减少官员腐败的冲动，完善的体制可以制约腐败的发生，但却无法根除腐败发生的可能。甚至可以说，腐败是公权力无法摆脱的噩梦，对于任何政府而言都是如此。应该说，政府权力运行层级和机构设置越简单，腐败发生的机率就越小。而由于现代政府的职能由众多机构承担，不同的机构(如各级政府、政府各部门)在行使公权力过程中，不仅这些政府机构的官员与社会之间存在利益关系，而且不同政府机构之间也存在利益关系，一方面官员的私人利益促使各政府机构谋求更多的部门利益，另一方面，机构的部门利益又为官员谋取更多的私利提供了条件。因此，政府由众多机构分别行使职权的组织结构，是现代政府中腐败现象发生的主要客观因素。
腐败无法杜绝，但不意味着无法制约。政府要想巩固政权之基，必须制约权力腐败。制约腐败的主要方式包括惩治和预防两类，相比较而言，惩治重在治标，预防重在治本。多年来，惩治一直是我们反腐倡廉工作的重点。惩治确实可以起到立竿见影的效果，可以让腐败分子及时受到党纪国法的严厉制裁。但仅就惩治而言，仍然存在诸多弊病。首先，惩治难免挂一漏万，致使大量的腐败分子逍遥法外；其次，惩治虽然可以威慑腐败分子、警惕世人，但若事实上存在许多腐败分子未依法受到惩处，那么惩治腐败的警示和预防作用将大大削弱，并促发更多腐败，形成恶性循环；再次，腐败是藏于政府机体内的毒瘤，惩治好比西医中的手术疗法，腐败的毒瘤被惩治后，虽然毒瘤没有了，但机体也已受到创伤。中央明确指出，惩治腐败要标本兼治、综合治理、惩防并举、注重预防。预防之于惩治，不仅是方法的区别，更是理念的不同；不仅是治理阶段的关口前移，更是完善制度之本。纵观各国治理腐败的策略可知，预防是从源头制约腐败的有效办法。
预防腐败既可以通过道德思想教化官员，使其主观上不愿腐败，也可以通过设计权力运行体制，使官员客观上不能腐败。前者是一种“软约束”，其实际效果主要取决于官员的品性和整个社会的道德水准；后者是一种“硬约束”，通过刚性的程序设计，使权力运行于既定的正确轨道。这两方面都很重要，是预防腐败的根本途径，尤其是后者，对于确保预防腐败取得实效更加具有实际意义。但是，世界上并不存在一个现成的、普适的权力运行体制供各国套用，某一类型的权力运行体制是否适合于某一特定国家，取决于许多主客观因素。权力运行体制是一个系统的、多层次的、复杂的体系，既包括各机构之间权力的宏观划分，也包括权力运行各阶段的微观设置，因此，权力运行体制的设计是一个系统工程，不仅涉及权力配置的政治法律问题，而且涉及权力运行程序设计的技术性问题。社会分工越复杂，对权力监督越深入，权力运行体制的设计也就越呈现出复杂的技术性。
任何体制都需要一个不断完善的过程，权力运行体制也不例外。权力的产生、授予、行使、监督，是一个与客观条件联系紧密的过程，无论人们在事先设计制度时考虑多么周全，也无法预料将来会发生的全部情况。因此，权力运行体制需要不断完善。但是由谁来完善，这是一个需要研究的问题。是由政府吗？政府是由各个机构组成的，政府的职能是由各组成机构具体承担的，完善权力运行体制，本身就是对政府机构权力和责任的重构，是对政府机构行使公权力附设程序性和实质性负担条件，因此，寄希望于政府机构自我附加责任和义务、自我限制权力、自我剥夺既得利益，是艰难的。是由立法部门吗？诚然立法者可以通过制定法律规制，完善各机构的权力运行过程，但立法毕竟只是针对重大事项的静止性规范，相对于繁杂的、动态的经济社会交易活动而言，立法天然地难以及时、有效、周全地约束权力运行的各个微观环节。实际上也是如此，随着经济活动的频繁，新的腐败领域、新的腐败形式不断出现，立法不细、立法缺位的现象更加突出。
因此，设置一个专门的预防腐败机构，对权力运行体制进行改革、完善是必要的，也可以有效地避免各种矛盾。这一专门机构，可以集中精力进行调查研究，分析各级政府机构权力运行中存在的问题，有针对性地个别规范，设计制定预防腐败的政策法律，设计运行预防腐败的权力制约机制，开展反腐败的政策宣传教育，完善权力配置，在体制上使掌权者不敢、不能、不愿腐败；在社会意识领域使腐败成为人人喊打，人人避之，人人唾骂的丑陋现象。
这一专门机构必须具有足够的权威，确保它对其他机构的权力运行具有调查权和调整改革的权力，具有协调、统筹其他监管机构的权力。这种权力不应仅仅是一种改革建议权，而应是具有实质性内容的决定权。这一专门机构必须具有足够的知识和理论水平，它不应仅仅是一个行政部门，应该更像一个设计院，既要精通权力运行和监管的共有特点，还要熟悉政府各个权力机构的业务开展和权力运行的具体情况，了解容易滋生腐败的薄弱环节。因此，这一机构除了要有机关工作人员外，更要有一批专家队伍。如果说机关工作人员是这一专门机构的四肢，那么专家队伍则是其大脑。既要确保专门机构对专家队伍具有直接的控制力，又要防止专家与其他被监督的政府权力机构形成利益关系，要使这些专家成为超脱的制度设计师。
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